A bioinformatikáról szóló cikkek szinte mindegyikében szembesültem a nagy áteresztőképességű szóval, de nem találtam magyarázatot erről (szerintem olyan könnyen érthető, és ezért valaki megmagyarázza, de nem tudtam megtenni). Van valaki, aki elmagyarázná, mit jelentenek nagy áteresztőképesség alatt? Előre is köszönöm.
Megjegyzések
- Ez ' nem feltétlenül biológiai kifejezés. merriam-webster.com/dictionary/throughput
- Ha! Tehát az áteresztőképesség csak megfordul, és „áthelyezik”! @ kanadai
Válasz
A nagy áteresztőképességű szekvenálás kifejezetten olyan szekvenálási technikákra utal, mint az Illumina, amelyek lehetővé teszik, hogy egyszerre hatalmas mennyiségű DNS-t (több százezer szálat) szekvenáljon, szemben a régebbi technikák, például a cDNS plazmidokban történő klónozása, majd szekvenálás.
Megjegyzések
- A sörétes fegyverek szekvenálása Sanger szekvenálási protokollt használ.
- Igen, igen. Nem utaltam arra, hogy a sörétes puskázás nagy áteresztőképességű módszer. ' Szerkesztem a válaszomat, hogy ezt tükrözze
- Sajnálom. Összezavarodtam. Most tiszta. De a Sanger-szekvenálás mégsem igazán alacsony áteresztőképességű. Még mindig nagy áteresztőképességű, de nem olyan hatékony, mint az Illumina.
- Köszönöm, mi lenne akkor jó példa az alacsony áteresztőképességű technikára?
- PCR, western blotok, ELISA, Bradford assay stb. mind alacsony átviteli sebességű technikák.
Válasz
Nagy teljesítményű, amint azt a kanadai megjegyzésekben jelezte a rendszer által feldolgozott adatmennyiségre vonatkozik. Bár a CactusWoman válasza helyes lenne a DNS-szekvenálás esetében, a nagy áteresztőképesség nem igazán korlátozódik erre a tartományra.
Bármely nagy áteresztőképességű technika megpróbál több változót egyszerre mérni. A példák magukban foglalják a Next Gen DNS-szekvenáláson kívül az RNS-szekvenálást, a fehérje azonosítását és tömegspektrometriával való kvantifikálást (LC-MS), a lipid-profilozást GC-MS-sel stb.
Vannak közepes áteresztési technikák is amely több változót képes mérni, de sokkal kevesebbet, mint a nagy áteresztőképességű technikák. Számos alacsony áteresztőképességű technika átalakítható közepes teljesítményűvé bizonyos szintű automatizálással és kísérleti tervezéssel. A példa a valós idejű PCR-t tartalmazná.
Válasz
Nincs semmi különös a kifejezés bioinformatikai használatában; ez normális angol, nem speciális szakzsargon. Az “áteresztőképesség” egyszerűen azt jelenti, hogy milyen sebességgel lehet valamit feldolgozni. A nagy áteresztőképességű rendszer olyan, amely nagy sebességgel kezeli a dolgokat, és ugyanúgy alkalmazható a genom szekvenálására, a városi tranzit hálózatra, a futballmeccs jegykapujaira, a burgonyát chipsdé (krumplivá) feldolgozó gyárra vagy a processzorra. a számítógépén.
A biológiában azonban az áteresztőképesség általában a minták feldolgozásának sebességére utal. Az “alacsony” áteresztőképességű módszer tehát olyan eljárás, amelynek végrehajtása hosszabb időt vehet igénybe, csak néhány mintára alkalmazható, vagy meg kell ismételni annak érdekében, hogy a különböző tényezők teljes mérési sorozatát megkapjuk. A “nagy” áteresztőképességű módszer egyszerűen gyorsabb módszer, amely lehetővé teszi, hogy nagyobb számú mintát dolgozzon fel ugyanabban vagy kevesebb idő alatt. Ez úgy érhető el, hogy gyorsabban dolgozunk, egyszerre több mintát dolgozunk fel, vagy egyidejűleg ugyanazon minta több aspektusát kezeljük.
Ne feledje, hogy nincs meghatározva, hogy mikor válik valami „nagy teljesítményűvé”; egyszerűen “magas” a korábbi módszerekhez képest, bár általában azt várná, hogy csak akkor alkalmazzák, amikor az új módszer sokszor gyorsabb, mint a meglévő, nem kis növekményes javulás.
Válasz
A nagy áteresztőképességű szekvenálás kifejezetten olyan szekvenálási technikákra utal, mint az Illumina, amelyek lehetővé teszik, hogy egyszerre hatalmas mennyiségű DNS-t szekvenáljon, több százezer szálat jelent. Adatsorozatok sokaságának egyidejű előállítása.
Megjegyzések
- tud-e hozzáadni referenciát?