Megtalálni a haplocsoportot a nyers DNS-adatok segítségével?

Y-DNS-haplocsoportom az AncestryDNA nyers DNS-fájlomból az ezen a linken részletezett első módszerrel: https://www.geneticgenealogist.net/2016/01/how-to-get-ydna-haplogroup-from.html

Röviden, 3 lépésen megy keresztül:

1 / az AncestryDNA nyers DNS-fájlját 23andme formátumúra konvertálja egy kis VBS program segítségével, amelyet innen szerezhet be:

drive.google.com/file/d/0ByaSZfKQX51lNHJSSUlsNGxTQmM/view

Egyszerűen csak ugyanabba a könyvtárba kell helyezni, mint a kicsomagolt DNS-fájlt (txt fájl), kattintson duplán, és elvégzi az átalakítást és hozzon létre egy új fájlt ugyanabban a könyvtárban, a yourdnafilename_Edited.txt néven.

2 / Telepíti ezt a programot, és betölti a 23andme formátumú dna fájlt:

drive.google.com/uc ? export = download & id = 0B7vzRsRM2aOQcU5fckNjdEg1ZWs

(.NET-keretrendszer 4.0 szükséges, ezért előfordulhat, hogy telepítenie kell t)

Lépjen a Fájl -> Mentés menübe, és mentse el egy másik szövegfájlba

3 / Másolja át a szöveges fájl tartalmát a webhely szöveges területére, és futtassa a prediktort :

https://ytree.morleydna.com/

Meg kell szereznie az Y-DNS-t a haplocsoport most, ami a “legvalószínűbb” feliratú eredmény. Ha a BT-t vagy az F-et “legvalószínűbbnek” találja (a legtöbb embernél ilyenek vannak, így szinte felesleges), akkor a következő jóslat a legvalószínűbb (és relevánsabb) az Ön számára (több “zöldnek” kell lennie, mint a többi lehetőség). Ha problémája vagy kérdése van, olvassa el a fent hivatkozott cikket, vagy kérdezzen tőlem. Sok sikert!

Megjegyzések

• Chris Morley még tovább egyszerűsítette a dolgokat. Csak töltse be ide az AncestryDNA (vagy MyHeritage vagy 23andMe) nyers adatfájlt ytree.morleydna.com/extractFromAutosomal , és továbbítsa a haplocsoport-előrejelző eszközéhez.
• Körülbelül 2014-ben az ytree.morleydna.com webhelyet használtam az AncestryDNA nyers adatfájlommal, és ez nekem bevált. Don ‘ nem tudom ha még ma meg tudnád csinálni … BTW, a fenti link ( genetgenealogist.net/2016/01/… ) nem működik többé nekem.]
• @ TJinBC vated.

Megértésem szerint a jelenlegi normál AncestryDNA termék, amely autoszomális DNS-t tesztel, nem tartalmazza azokat az Y-DNS vagy mtDNS SNP-ket, amelyek hasznosak lehetnek a haplocsoport (ok) meghatározásához.

Az ősök korábban drágább DNS-teszteket értékesítettek az Y-DNS és az mtDNS számára, de már nem. A FamilyTreeDNA azonban megteszi:

https://www.familytreedna.com/

Te “ll le kell töltenie a nyers adatokat, és magának kell kitalálnia a haplocsoportot az ISOGG adatbázis segítségével:

https://isogg.org/tree/index.html

Megjegyzések

• Az AncestryDNA nem ‘ nem árul Y-DNS és mtDNS teszteket. Csak a FamilyTreeDNA teszi.
• Kérjük, adja meg, hogy az ISOGG webhely melyik oldalán fogja megtudni, hogyan kell kitalálni a haplocsoportot.
• Köszönöm @lkessler, I ‘ frissítettem a válaszomat (elég sokáig tartott! Csak észrevettem a megjegyzéseidet).

Az y kromoszómát “24-es kromoszómának” hívják.

Ennek ellenére csak 885 SNP-t tesztelnek.

17 604 SNP-t tesztelnek az x kromoszómán (23. kromoszómaként jelölve), valamint 440 25. kromoszómaként jelölt SNP-t, amelyek akár az X kromoszómából, akár az Y kromoszóma pszeudoautoszomális régióiból.

Még nem ismerek eszközt ezeknek a szakaszoknak a kiszűrésére a haplocsoportok meghatározásához, de még mindig keresek.

http://www.isogg.org/wiki/Autosomal_DNA_testing_comparison_chart

Megjegyzések

• I ‘ még soha nem látta az ” 24-es kromoszómának nevezett Y-kromoszómát “. Ennek semmi értelme, mert 46 kromoszóma van 23 pár. Az első 22 kromoszómapárt autoszomális kromoszómának nevezzük. Az X és Y (23. pár) nemi kromoszómáknak nevezzük.
• Szerintem az AncestryDNA fájlformátum műterméke. Ugyanaz csv vagy táblázatos fájl nyers adatokkal, mint az ftdna vagy a 23andme biztosítja. És nagyon ésszerű a ChrX-et Chr23-nak írni, a ChrY-t pedig Chr24-nek írni (például a fájlgenerátor egész számot használ a kromoszóma számához / elnevezéséhez)
• I Teljesen biztos vagyok abban, hogy az AncestryDNA a ChrX-et Chr23-nak jelöli, mert a hasznos segédprogramokban itt van ilyen átalakítás: y-str.org/2014/09/autosomal-dna-converter-nix.html

Átvittem az ősök autoszomális tesztjét erre a webhelyre, és ez adta meg haplo csoport, amely megfelelt a National Geographic és a FamilyTree Y tesztemnek:

https://ytree.morleydna.com/ extractFromAutosomal

Az ősök elég SNP-t tesztelnek ahhoz, hogy magas szintű haplocsoportot kapjanak. A többi megvitatott válasz az Y és a Morley módszer jól működik, DE a nőknek nincs Y, így az egyetlen haplocsoport, amit kaphatnak, az mtDNS (mitokondriális DNS).

Feltöltés a Promethease.com webhelyre, amely megmutatja a DNS-ben szereplő egészségügyi eredmények haplocsoportot szolgáltathatnak, de nem könnyű használni, és nem volt szerencsém hozzá.

Legjobb 23andme-nál tesztelni, hogy megszerezhesse a magas szintű mtDNS haplocsoportját, vagy végezze el a részletes mtDNS-tesztet a familytreeDNA-n , valószínűleg közvetlenül az anyák napja előtt lesz kapható.

Attól függ, hogy az AncestryDNA chip verziója a DNS, lásd a fájl fejlécét. Az SNPedia Haplogroup webhely részletezi, hogy mit kérdeznek le a különböző chip verziók, és sok órát tölthet manuálisan az ~ 1700 Y-DNS után A fájlban lévő SNP-k, hogy magas szintű Haplocsoportot hívhassanak, alternatívaként ugyanazt a választ kaphatja meg, ha $ 0- $ 12-t dob a Promethease -re (a szél / társaság szeszélye), amely szintén számos tulajdonságot ad vissza, például a pestis / AIDS elleni rezisztenciát, a laktóz tolerálását, az alkohol tolerálását, a szem színét, a haj típusát … a sörjelzőkhöz.