Sokat olvastam a kvantitatív genetikáról és a G- (és B-) témáról mátrix az utóbbi időben. Megállapítottam az elemzés mostani elvét, de még mindig nem vagyok biztos benne, hogyan kell ezt elvégezni. Szeretném, ha néhány próbabábuval / régi adattal kipróbálhatnám R-ben, hogy lássam, hogyan történik.
Tegyük úgy, mintha lemértem volna a Drosophila 5 tulajdonságát (szárnyhossz, élettartam, a szem pigmentációja, a sörték száma és a fitnesz). Felépíthetnék ezekből az adatokból egy G-mátrixot a populáció számára, és beszerezhetnék-e egy B-mátrixot is a tulajdonságok szelekciójának mérésére?
bejegyzés:
1) Milyen információkra (tulajdonságok mérésére, fitnesz pontszámokra stb.) van szükség a G- és B- mátrixok összeállításához?
2) Szeretnék olyan nyomtatott vagy online anyagot találni, amely elvezetne a módszer tényleges megvalósításához. Úgy tűnik, nagyon sok papír állítja, hogy a G-mátrixok remekek, de valójában senki sem mondja, hogyan kell ezeket a való életben csinálni …
Hozzászólások
- A link csak a G-mátrixról szól. Nem tudom ', hogy mi az a B-mátrix. Van olyan linked, amely elmagyarázza, mi az a B-mátrix? Thks
- @ Remi.b A b-mátrix egy almátrix a g-mátrixon belül (a g-mátrix négy részmátrixból épül fel, Gm [férfi genetikai variancia és kovariancia] Gf nő esetében is, B (és B transzponálva) a kereszt nemi genetikai kovarianciával
- A G-mátrix rövid leírása megtalálható ebben a kérdésben
Válasz
A G-mátrix felépítéséhez additív genetikai varianciákra és kovarianciákra van szükség minden tulajdonsághoz, tehát általában tenyésztési kísérletek eredményeire van szükség (pl. fenotípusos szülő-utód utáni adatok), amelyeken a szülő-utód regressziókat végezhet. Ne ismerjen jó online forrásokat, de lásd: Balding et al. . 2007 534ff. Néhány információért. Láttam olyan módszereket, amelyek azt állítják, hogy a G-mátrix közvetlenül összefüggő egyének fenotípusos adatai alapján becsülhető meg (pl. Zintzaras 2011 ) vagy genomikus információkból, például SNP-kből ( Vattikuti et al. 2013 ), de nem ismerik ezeket, és nem tudják, mennyire megbízhatóak.
A G-mátrix becsléséhez vegyes modellek, köztük példák / oktatóanyagok becsült háttere egyértelmű. megtalálható itt: Wilson és mtsai (2009) .
Vagy valami mást / konkrétabbat gondolt?
Megjegyzések
- Ennek nekem tényleg két aspektusa van. Először is: ' szeretném tudni, hogyan lehet ezeket megtenni. Másodsorban megpróbálom kitalálni, hogy meg tudnám-e csinálni őket a drosophila hemiklonális vonalainak tulajdonságértékeivel úgy, hogy minden haplotípusra vonatkozóan kapjak nemspecifikus tulajdonságértékeket, és ezért készíthetek B-mátrixot.
- Nos, meg kell képes megszerezni a hemiklonális vonalak genetikai eltéréseit – alaposan meg kell fontolnia, hogy pontosan hogyan számolja ki őket, és mennyire örökítheti meg az öröklődést. Mit értesz a következővel: " Először is, én ' szeretném tudni, hogyan lehet ezeket végrehajtani ". Mit tartalmaznak a mátrixok, hogyan lehet technikailag átnézni a regressziókat vagy valami mást? Gyanítottam, hogy valami konkrétabb dolgot követett, de frissítenie kell a kérdést, hogy kevésbé egyértelmű legyen.
- Ezenkívül megnézte az Állatmodelleket (statisztikai vegyes modellek), ahol a teljes törzskönyv felhasználható a G-mátrix összetevőinek becslésére?
- mit értek " alatt, hogyan lehet ezeket megtenni " az, hogy milyen adatokra van szükségem, mit kell mérni, ahogy az már a kérdésben is szerepel
- @GriffinEvo gondolom ez számomra nem egyértelmű; egyszerű esetben, amire szüksége van egy G-mátrixhoz, az érdekes tulajdonságok fenotípusos adatai és az egyének (pl. szülő-utód) közötti ismert kapcsolat. Ezt is írtam a válaszomban, de nyilván valami mást keresel. Számolni pl. környezeti tényezők, nem vagy ismert törzskönyv, komplexebb statisztikai modellre van szüksége, pl. Állatmodellek . Válaszomat frissítettem egy papírral, amely hasznos lehet.